- 学術集会会長（以下、「学会長」とする）は、応募演題（抄録）の中から分野別、筆頭著者の年齢および研究歴や役職、過去の受賞状況などを考慮して、原則として6題（分野1，2，3よりそれぞれ2題ずつ）を選考し、候補演題とする。
- 学術担当常務理事は、前項の候補演題の選考が終了した時点で、原則としてこれらの候補演題（抄録）の著者でない理事または評議員の中から6名の選考委員を委嘱する。委員は、原則として分野1，2，3よりそれぞれ2名ずつとする。
- 選考委員は、学術集会当日、候補演題の全てを聴講し、候補演題について各々評価する。評価の方法は、内規附則に定める。
- 学会長は、学術集会当日、全ての候補演題発表の終了後、学術奨励賞選考委員会を招集する。学術奨励賞選考委員会は、評価された点数を基に協議し、3題の学術奨励賞候補を選考する。上記により選考された3題と若手学術奨励賞の対象となる演題が、評議員会での報告・了承を経て、学術奨励賞受賞および若手学術奨励賞と決定される。学術奨励賞選考委員会は、6名の選考委員のほか、学会長、学術担当常務理事により構成され、学会長を学術奨励賞選考委員会委員長とする。なお、学会長、学術担当常務理事が候補演題演者の場合は、審議に加わらないこととする（オブザーバーとしての参加、審議では退出する）。
- 原則、学術奨励賞候補数は4.の通り3題であるが、選考にあたり候補となる演題が4題の場合は例外として4題を認めることとする。
- 受賞者は、日本生殖内分泌学会学術集会時に行われる総会で、理事長名で表彰され、賞状と副賞（5万円）を授与される。
申し合わせ事項 選考の事務については、各過程で事務局が補佐する。
内規附則
- 学会長が選考する候補演題の筆頭著者は、学会員であることを要し、学術集会開催時に満45歳に達していないこととする。
- 学会長が選考する候補演題は、6題を原則とするが、若干の増減を妨げるものではない。しかしながら、やむを得ず6題の選考が困難である場合も、5～8題の範囲になることとする。
- 選考委員による候補演題の評価は、①研究内容の独創性、②発表の態度･方法、③討論を通しての研究者の理解度、の各項目についてそれぞれ1～5の5段階（最も優れたものが5）の絶対評価により行う。さらに、「①研究内容の独創性」を重要視する観点から評点を3倍し、他の2項目の評価の素点と合計する。したがって、評価点数は5点から25点の間に分布する。
- 学術集会当日、選考委員が候補演題全てを困難なく聴講することができるように、また、学術奨励賞選考委員会、評議員会、総会の開催に困難が生じないよう、学会長はプログラムを構成することを要する。
- 学術奨励賞の受賞は、個人では1回のみとする。
- 学術奨励賞の受賞は、同じ研究室の連続受賞は原則として不可であるが回数の制限はないものとする。
但し、前年度の学術奨励賞受賞者が共同研究者として含まれない場合は、研究内容を考慮し連続でも受賞の対象とする。